(公社)日中友好協会は各都道府県日中友好協会（略称「県協会」）を会員とする団体です。県協会のもとには市区町村日中友好協会（略称「地区協会」）が全国に350余りあり、個人・法人・団体が会員として参加しています。
協会は、年に1回の総会と理事会が２回以上開かれることによって運営されています。 協会役員は総会において理事・監事が選ばれた後に、理事会において会長、副会長、理事長及び常務理事が選任されます。また、日中関係で豊富な経験と学識をもつ方々を名誉顧問・名誉会長・名誉副会長・顧問・参与にお迎えしています。
組織図
役員名簿
理事・監事名簿
| 会長 | 宇都宮 徳一郎 | （株）ミノファーゲン製薬代表取締役社長 （認定特非）東京都日中友好協会会長 |
|---|---|---|
| 副会長 | 橋本 逸男 | 外務省元大使（ラオス、ブルネイ） 元東北大学公共政策大学院教授兼副院長 |
| 副会長 | 森山 沾一 | 福岡県日中友好協会会長 |
| 副会長 | 川津 隆 | (NPO)茨城県日中友好協会会長 茨城県議会議員 |
| 副会長 | 岡﨑 温 | （特非）愛知県日中友好協会副会長 |
| 理事長 | 揚原 安麿 | 日本ＪＣ日中友好の会名誉会長 株式会社日本地域社会研究所 代表取締役 |
| 専務理事 | 西堀 正司 | 長野県日中経済交流促進協議会理事長 長野県日中友好協会会長 |
| 常務理事 | 大薮 二朗 | （株）日中語学センター代表取締役 大阪府日中友好協会副会長 |
| 常務理事 | 上島 保則 | （一社）神奈川県日中友好協会副会長兼専務理事 |
| 常務理事 | 安藤 公一 | 元（公社）日本青年会議所副会頭 |
| 常務理事 | 坂下 重信 | 日中友好継承発展会理事長 |
| 常務理事 | 佐々木 政文 | (NPO)北海道日中友好協会理事長 |
| 理事 | 伊藤 洋平 | （株）みんなのまちづくり代表取締役 （一社）まちのtoolbox代表理事 （認定特非）東京都日中友好協会理事長 |
| 理事 | 岡林 俊司 | 元連合高知会長 （特非）高知県日中友好協会会長 |
| 理事 | 鎌田 敬 | 鹿児島県日中友好協会会長 |
| 理事 | 木本 利夫 | 江蘇省人民対外友好協会海外理事 石川県日中友好協会直前会長 |
| 理事 | 小田 玲実 | 全国青年委員会委員長 |
| 理事 | 小宮 一郎 | （特非）三重県日中友好協会理事長 |
| 理事 | 佐々木 謙 | （一財）航空宇宙技術振興財団監事 （福）あおば厚生福祉会評議員 宮城県日中友好協会会長 |
| 理事 | 田島 孝子 | 全国女性委員会委員長 |
| 理事 | 田中 彰寿 | 元京都弁護士会会長 元京都府収用委員会会長 京都府日中友好協会会長 |
| 理事 | 中 拓哉 | 和歌山県日中友好協会会長 |
| 理事 | 布施 正幸 | 長野県日中友好協会副会長 |
| 理事 | 横見 幸憲 | 岡山県日中友好協会事務局長 |
| 監事 | 大塩 多起男 | 大塩アジア会計事務所代表 （一社）神奈川県日中友好協会監事 |
| 監事 | 石黒 かほる | （公財）秋田県国際交流協会理事 元国際ソロプチミスト秋田会長 秋田県日中友好協会副会長 |
（2024 年 6 月 14 日改選）
※会長及び理事長は法人法上の代表理事
※副会長、専務理事及び常務理事は法人法上の業務執行理事